Бассейн инженерная: Бассейн Алтуфьевский | Бассейны Москвы

Cathomen, T. & Joung, J.K. Нуклеазы «цинковые пальцы»: появляется следующее поколение. Мол. Ther. 16 , 1200–1207 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Porteus, M.H. И Кэрролл, Д. Нацеливание на ген с помощью нуклеаз цинкового пальца. Нат. Biotechnol. 23 , 967–973 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Durai, S. et al. Нуклеазы цинковых пальцев: молекулярные ножницы, специально разработанные для геномной инженерии клеток растений и млекопитающих. Nucleic Acids Res. 33 , 5978–5990 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Кэрролл Д. Прогресс и перспективы: нуклеазы «цинковые пальцы» как средства генной терапии. Gene Ther. 15 , 1463–1468 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Ву, Дж., Кандавелу, К. и Чандрасегаран, С. Специально разработанные нуклеазы цинковых пальцев: что дальше? Cell Mol.Life Sci. 64 , 2933–2944 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Камениш, Т.Д., Бриллиант, М.Х. И Сигал, Д.Дж. Критические параметры для редактирования генома с помощью нуклеаз цинкового пальца. Мини. Rev. Med. Chem. 8 , 669–676 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Ким, Ю.Г., Ши, Ю., Берг, Дж.М. и Чандрасегаран, С. Сайт-специфическое расщепление гибридов ДНК-РНК слиянием домена расщепления цинковый палец / FokI. Gene 203 , 43–49 (1997).

CAS Статья Google Scholar

Kim, Y.G., Cha, J. & Chandrasegaran, S. Гибридные рестрикционные ферменты: слияния цинковых пальцев с доменом расщепления Fok I. Proc. Natl. Акад. Sci. США 93 , 1156–1160 (1996).

CAS Статья Google Scholar

Мани, М., Smith, J., Kandavelou, K., Berg, J.M. & Chandrasegaran, S. Связывание двух мономеров нуклеазы цинкового пальца с двумя специфическими сайтами необходимо для эффективного двухцепочечного расщепления ДНК. Biochem. Биофиз. Res. Commun. 334 , 1191–1197 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Smith, J. et al. Требования к двухцепочечному расщеплению химерными ферментами рестрикции с доменами распознавания ДНК цинкового пальца. Nucleic Acids Res. 28 , 3361–3369 (2000).

CAS Статья Google Scholar

Maeder, M.L. и другие. Быстрая разработка с открытым исходным кодом индивидуальных нуклеаз типа «цинковые пальцы» для высокоэффективной модификации генов. Мол. Клетка. 31 , 294–301 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Бибикова, М., Боймер, К., Траутман, Дж. К. И Кэрролл, Д. Улучшение нацеливания на гены с помощью разработанных нуклеаз цинковых пальцев. Наука 300 , 764 (2003).

CAS Статья Google Scholar

Бибикова М., Голич М., Голич К.Г. И Кэрролл, Д. Целевое хромосомное расщепление и мутагенез у дрозофилы с использованием нуклеаз типа «цинковые пальцы». Genetics 161 , 1169–1175 (2002).

CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Сантьяго, Ю.и другие. Нокаут целевого гена в клетках млекопитающих с помощью сконструированных нуклеаз типа «цинковые пальцы». Proc. Natl. Акад. Sci. США 105 , 5809–5814 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Miller, J.C. et al. Улучшенная архитектура нуклеазы цинкового пальца для высокоспецифичного редактирования генома. Нат. Biotechnol. 25 , 778–785 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Ломбардо, А.и другие. Редактирование генов в стволовых клетках человека с использованием нуклеаз цинковых пальцев и доставки лентивирусных векторов, дефектных по интегразе. Нат. Biotechnol. 25 , 1298–1306 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Perez, E.E. et al. Установление устойчивости к ВИЧ-1 в CD4 + Т-клетках путем редактирования генома с помощью нуклеаз цинкового пальца. Нат. Biotechnol. 26 , 808–816 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Дойон, Ю.и другие. Наследственное целевое разрушение генов у рыбок данио с использованием разработанных нуклеаз типа «цинковые пальцы». Нат. Biotechnol. 26 , 702–708 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Мэн, X., Нойес, М.Б., Чжу, Л.Дж., Лоусон, Н.Д. и Вулф, С.А. Целевая инактивация генов у рыбок данио с использованием сконструированных нуклеаз типа «цинковые пальцы». Нат. Biotechnol. 26 , 695–701 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Фоли, Дж.E. et al. Быстрая мутация эндогенных генов рыбок данио с использованием нуклеаз цинковых пальцев, полученных с помощью инженерии олигомеризованного пула. PLoS ONE 4 , e4348 (2009 г.).

Артикул Google Scholar

Ллойд, А., Плезье, К.Л., Кэрролл, Д. и Дрюс, Г.Н. Направленный мутагенез с использованием нуклеаз «цинковые пальцы» у Arabidopsis. Proc. Natl. Акад. Sci. США 102 , 2232–2237 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Райт, Д.A. et al. Высокочастотная гомологичная рекомбинация у растений, опосредованная нуклеазами цинковых пальцев. Plant J. 44 , 693–705 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Porteus, M.H. И Балтимор Д. Химерные нуклеазы стимулируют нацеливание генов в человеческих клетках. Наука 300 , 763 (2003).

Артикул Google Scholar

Moehle, E.A. et al. Целевое добавление гена в указанное место в геноме человека с использованием разработанных нуклеаз цинкового пальца. Proc. Natl. Акад. Sci. США 104 , 3055–3060 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Урнов, Ф.Д. и другие. Высокоэффективная коррекция эндогенных генов человека с использованием разработанных нуклеаз типа «цинковые пальцы». Nature 435 , 646–651 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Боймер, К., Бхаттачарья, Г., Бибикова, М., Траутман, Дж. К. И Кэрролл, Д. Эффективное нацеливание на гены у дрозофилы с помощью нуклеаз типа «цинковые пальцы». Генетика 172 , 2391–2403 (2006).

CAS Статья Google Scholar

Beumer, K.J. и другие. Эффективное нацеливание на гены у дрозофилы путем прямой инъекции в эмбрион нуклеаз цинкового пальца. Proc. Natl. Акад. Sci. США 105 , 19821–19826 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Мортон, Дж., Дэвис, М.В., Йоргенсен, Э.М. и Кэрролл, Д. Индукция и восстановление двухцепочечных разрывов, нацеленных на нуклеазу цинкового пальца, в соматических клетках Caenorhabditis elegans. Proc. Natl. Акад. Sci. США 103 , 16370–16375 (2006).

CAS Статья Google Scholar

Cai, C.Q.и другие. Нацеленная интеграция трансгена в клетки растений с использованием сконструированных нуклеаз цинковых пальцев. Завод . Мол. Биол. 69 , 699–709 (2009).

CAS Статья Google Scholar

Townsend, J.A. и другие. Высокочастотная модификация генов растений с использованием сконструированных нуклеаз цинковых пальцев. Nature 459 , 442–445 (2009).

CAS Статья Google Scholar

Хёрт, Дж.А., Тибодо, С.А., Хирш, А.С., Пабо, С.О. И Joung, J.K. Высокоспецифичные белки «цинковые пальцы», полученные путем направленной перетасовки доменов и селекции на основе клеток. Proc. Natl. Акад. Sci. США 100 , 12271–12276 (2003).

CAS Статья Google Scholar

Cornu, T.I. и другие. Специфичность связывания ДНК является основным фактором, определяющим активность и токсичность нуклеаз типа «цинковые пальцы». Мол. Ther. 16 , 352–358 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Pruett-Miller, S.M., Connelly, J.P., Maeder, M.L., Joung, J.K. И Портеус, М. Сравнение нуклеаз цинкового пальца для использования в нацеливании генов в клетках млекопитающих. Мол. Ther. 16 , 707–717 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Fu, F. et al. База данных Zinc Finger (ZiFDB): хранилище информации о цинковых пальцах C2h3 и сконструированных массивах цинковых пальцев. Nucleic Acids Res. 37 , D279 – D283 (2009).

CAS Статья Google Scholar

Сандер, Дж. Д., Забак, П., Джунг, Дж. К., Войтас, Д. Ф. И Доббс, Д. Цинк-палец (ZiFiT): инструмент для проектирования целевого сайта с цинковым пальцем. Nucleic Acids Res. 35 , W599 – W605 (2007).

Артикул Google Scholar

Портеус, М.H. Нацеливание на гены млекопитающих с помощью сконструированных нуклеаз «цинковые пальцы». Мол. Ther. 13 , 438–446 (2006).

CAS Статья Google Scholar

Alwin, S. et al. Пользовательские нуклеазы типа «цинковые пальцы» для использования в клетках человека. Мол. Ther. 12 , 610–617 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Mani, M., Kandavelou, K., Dy, F.J., Durai, S. & Chandrasegaran, S. Дизайн, разработка и характеристика нуклеаз цинкового пальца. Biochem. Биофиз. Res. Commun. 335 , 447–457 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Сигал, Д.Дж. и другие. Оценка модульной стратегии создания новых ДНК-связывающих белков полидактильного цинкового пальца. Биохимия 42 , 2137–2148 (2003).

CAS Статья Google Scholar

Сигал, Д.Дж. Использование пептидов «цинковые пальцы» для изучения роли сайтов связывания специфических факторов в среде хроматина. Методы 26 , 76–83 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Сигал, Д.Дж. И Барбас, К.Ф. III. Настроенные ДНК-связывающие белки достигают зрелости: полидактильные белки с цинковыми пальцами. Curr. Opin. Biotechnol. 12 , 632–637 (2001).

CAS Статья Google Scholar

Mandell, J.G. И Барбас, К.Ф. III. Инструменты с цинковыми пальцами: настраиваемые ДНК-связывающие домены для факторов транскрипции и нуклеаз. Nucleic Acids Res. 34 , W516 – W523 (2006).

CAS Статья Google Scholar

Бирли, Р.Р. и Барбас, К.Ф. III. Инженерные факторы транскрипции полидактильных цинковых пальцев. Нат. Biotechnol. 20 , 135–141 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Bae, K.H. и другие. Человеческие цинковые пальцы как строительные блоки при создании искусственных факторов транскрипции. Нат. Biotechnol. 21 , 275–280 (2003).

CAS Статья Google Scholar

Лю, К., Xia, Z., Zhong, X. & Case, C.C. Утвержденные конструкции белков цинкового пальца для всех 16 триплетных мишеней ДНК GNN. J. Biol. Chem. 277 , 3850–3856 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Ramirez, C.L. и другие. Неожиданный уровень отказов для модульной сборки инженерных цинковых пальцев. Нат. Методы 5 , 374–375 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Вулф, С.А., Грант Р.А., Элрод-Эриксон М. и Пабо С.О. Помимо «кода распознавания»: структуры двух комплексов «цинковый палец / ТАТА-бокс» Cys2His2. Структура 9 , 717–723 (2001).

CAS Статья Google Scholar

Wolfe, S.A., Greisman, H.A., Ramm, E.I. И Пабо, C.O. Оптимизация анализа цинковых пальцев с помощью фагового дисплея: оценка полезности кода распознавания. J. Mol. Биол. 285 , 1917–1934 (1999).

CAS Статья Google Scholar

Элрод-Эриксон М., Роулд М.А., Неклюдова Л. и Пабо С.О. Комплекс белок-ДНК Zif268, уточненный до 1,6 A: модельная система для понимания взаимодействий цинковый палец-ДНК. Структура 4 , 1171–1180 (1996).

CAS Статья Google Scholar

Исалан, М., Клуг, А. и Чу, Ю.Комплексное распознавание ДНК за счет согласованного взаимодействия соседних цинковых пальцев. Биохимия 37 , 12026–12033 (1998).

CAS Статья Google Scholar

Isalan, M., Choo, Y. & Klug, A. Синергия между соседними цинковыми пальцами в распознавании последовательностей ДНК. Proc. Natl. Акад. Sci. США 94 , 5617–5621 (1997).

CAS Статья Google Scholar

Пирсон, Х.Судьба пальцев. Nature 455 , 160–164 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Tan, S. et al. Регулирование генов, нацеленных на белок цинкового пальца: специфичность одного гена в масштабе всего генома. Proc. Natl. Акад. Sci. США 100 , 11997–12002 (2003).

CAS Статья Google Scholar

Бланкафорт, П.и другие. Генетическое репрограммирование опухолевых клеток факторами транскрипции цинкового пальца. Proc. Natl. Акад. Sci. США 102 , 11716–11721 (2005).

CAS Статья Google Scholar

Blancafort, P., Magnenat, L. & Barbas, C.F. Сканирование генома человека с помощью библиотек комбинаторных факторов транскрипции. Нат. Biotechnol. 21 , 269–274 (2003).

CAS Статья Google Scholar

Стеге, Дж.Т., Гуань, X., Хо, Т., Бичи, Р. И Барбас, К.Ф. III. Контроль экспрессии генов в растениях с помощью синтетических факторов транскрипции «цинковые пальцы». Plant J. 32 , 1077–1086 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Ордис, М.И., Барбас, К.Ф. III. И Бичи, Р. Регуляция экспрессии трансгена в растениях с факторами транскрипции полидактильного цинкового пальца. Proc. Natl. Акад. Sci. США 99 , 13290–13295 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Guan, X. et al. Наследственная регуляция эндогенных генов у растений с помощью сконструированных факторов транскрипции полидактильного цинкового пальца. Proc. Natl. Акад. Sci. США 99 , 13296–13301 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Beerli, R.R., Dreier, B. & Barbas, C.F. III. Положительная и отрицательная регуляция эндогенных генов с помощью сконструированных факторов транскрипции. Proc. Natl. Акад. Sci. США 97 , 1495–1500 (2000).

CAS Статья Google Scholar

Берли Р.Р., Сегал Д.Дж., Драйер Б. и Барбас К.Ф. III. На пути к произвольному контролю экспрессии генов: специфическая регуляция промотора erbB-2 / HER-2 с использованием белков полидактильного цинкового пальца, сконструированных из модульных строительных блоков. Proc. Natl. Акад. Sci. США 95 , 14628–14633 (1998).

CAS Статья Google Scholar

Gordley, R.M., Gersbach, C.A. И Барбас, К.Ф. III. Синтез программируемых интеграций. Proc. Natl. Акад. Sci. США 106 , 5053–5058 (2009).

CAS Статья Google Scholar

Blancafort, P. et al. Модуляция лекарственной устойчивости с помощью искусственных факторов транскрипции. Мол.Рак Тер. 7 , 688–697 (2008).

CAS Статья Google Scholar

Nomura, W. & Barbas, C.F. III. In vivo сайт-специфическое метилирование ДНК с помощью разработанной ДНК-метилазы с последовательной активностью. J. Am. Chem. Soc. 129 , 8676–8677 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Гордли, Р.М., Смит, Дж. Д., Граслунд, Т., Барбас, К. Ф. III. Эволюция программируемых рекомбиназ цинкового пальца с активностью в клетках человека. J. Mol. Биол. 367 , 802–813 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Eberhardy, S.R. и другие. Ингибирование репликации вируса иммунодефицита человека типа 1 с помощью искусственных факторов транскрипции, нацеленных на высококонсервативный сайт связывания праймера. J. Virol. 80 , 2873–2883 (2006).

CAS Статья Google Scholar

Тан, В., Донг, З., Уилкинсон, Т.А., Барбас, К.Ф. III. & Chow, S.A. Вирус иммунодефицита человека типа 1, объединенный с гибридными белками, состоящими из интегразы и сконструированного полидактильного цинкового пальца E2C, может смещать интеграцию вирусной ДНК в заданную область хромосомы в клетках человека. J. Virol. 80 , 1939–1948 (2006).

CAS Статья Google Scholar

Rebar, E.J. и другие. Индукция ангиогенеза на мышиной модели с использованием сконструированных факторов транскрипции. Нат. Med. 8 , 1427–1432 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Liang, Y. et al. Активация транскрипции фактора роста эндотелия сосудов А в линиях опухолевых клеток глиобластомы энхансером, обеспечивающим доступность ДНКазы I. J. Biol. Chem. 277 , 20087–20094 (2002).

CAS Статья Google Scholar

Liu, P.Q. и другие. Регуляция эндогенного локуса с использованием панели сконструированных белков «цинковые пальцы», нацеленных на доступные области хроматина. Активация фактора роста эндотелия сосудов A. J. Biol. Chem. 276 , 11323–11334 (2001).

CAS Статья Google Scholar

Чжан, Л.и другие. Действие синтетического фактора транскрипции цинкового пальца на эндогенном участке хромосомы. Активация гена эритропоэтина человека. J. Biol. Chem. 275 , 33850–33860 (2000).

CAS Статья Google Scholar

Handel, E.M., Alwin, S. & Cathomen, T. Расширение или ограничение репертуара целевых сайтов нуклеазами «цинковые пальцы»: междоменный линкер как главный детерминант избирательности целевого сайта. Мол. Ther. 17 , 104–111 (2009).

Артикул Google Scholar

Бибикова М. и др. Стимуляция гомологичной рекомбинации за счет целенаправленного расщепления химерными нуклеазами. Мол. Клетка. Биол. 21 , 289–297 (2001).

CAS Статья Google Scholar

Joung, J.K., Ramm, E.I. И Пабо, C.O.Бактериальная двухгибридная селекционная система для изучения взаимодействий белок-ДНК и белок-белок. Proc. Natl. Акад. Sci. USA 97 , 7382–7387 (2000).

CAS Статья Google Scholar

Уиппл Ф.В. Генетический анализ прокариотических и эукариотических ДНК-связывающих белков в Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 26 , 3700–3706 (1998).

CAS Статья Google Scholar

Тибодо-Беганни, С.И Joung, J.K. Конструирование доменов цинковых пальцев cys2his2 с использованием двухгибридной системы отбора на основе бактериальных клеток. Methods Mol. Биол. 408 , 317–334 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Райт, Д.А. и другие. Стандартизированные реагенты и протоколы для разработки нуклеаз цинковых пальцев путем модульной сборки. Нат. Protoc. 1 , 1637–1652 (2006).

Артикул Google Scholar

Щепек, М.и другие. Модернизация интерфейса димеризации на основе структуры снижает токсичность нуклеаз типа «цинковые пальцы». Нат. Biotechnol. 25 , 786–793 (2007).

CAS Статья Google Scholar

Шукла, В.К. и другие. Точная модификация генома сельскохозяйственных культур Zea mays с помощью нуклеаз типа «цинковые пальцы». Nature 459 , 437–441 (2009).

CAS Статья Google Scholar

Тибодо, С.А., Фанг, Р., Джунг, Дж. К. Высокопроизводительный анализ бета-галактозидазы для репортерных систем на основе бактериальных клеток. Biotechniques 36 , 410–415 (2004).

CAS Статья Google Scholar